Alguns dos sintomas de cistite intersticial assemelham àqueles de infecção bacteriana, porém testes médicos não revelam organismos na urina. Além disso, pessoas com cistite intersticial não respondem à terapia com antibióticos. Pesquisadores estão trabalhando para entender as causas da cistite intersticial. Muitas mulheres com cistite intersticial possuem outras condições médicas, como síndrome do intestino irritável e fibromialgia. Cientistas acreditam que cistite intersticial possa ser uma manifestação na bexiga de uma condição médica mais geral em vários órgãos e partes do corpo.