A antibioticoterapia deve ser realizada da mesma forma e com os mesmos antimicrobianos empregados no tratamento das infecções isoladas. Nos casos de difícil controle, a quimioprofilaxia de baixa dosagem por 3 a 6 meses é uma das condutas mais aceitas. Doses subterapêuticas de antibióticos podem alterar a habilidade das bactérias em aderirem às células do hospedeiro, impedindo a formação de fímbrias, ou então, quando estas são sintetizadas, se apresentarem de forma aberrante. Esta forma de tratamento diminui as recorrências em 95% dos casos, quando comparadas com placebo. A profilaxia pós-coito está indicada naqueles casos em que os episódios de cistite estão relacionados à atividade sexual. Esta estratégia prevê o uso de dose única de antibiótico pós-coito, sendo recomendado, também, o esvaziamento vesical nessa ocasião. A automedicação orientada é indicada em pacientes orientadas que não aceitem o tratamento prolongado, desde que o trato urinário seja completamente normal. Nesses casos o tratamento por três dias ou com dose única deve ser iniciado a partir do início dos sintomas. A reposição hormonal em mulheres pós-menopausa, com evidências de alterações causadas pelo hipoestrogenismo, está indicada como medida adjuvante, utilizando-se creme vaginal à base de estriol ou promestriene, desde que não haja contra-indicação ginecológica.
